DAPI发射的蓝光，可以便捷地用于多重荧光分析中；因为很少有荧光能在DAPI和绿色荧光分子（例如荧光素和绿色荧光蛋白GFP；或者红色荧光染料，像Texas Red）产生重叠。 除了标记细胞核素外，DAPI也可以用来检测细胞培养物中的支原体或者病毒DNA。

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